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在清水悠斗的记忆理解中，第四次圣杯战争所争夺的圣杯是被此世之恶所污染的，无法真正实现人类的愿望，只会以扭曲的形式去完成愿望的圣杯。
在得到圣杯之前，因为这份记忆的误导，优纪同样也是这么理解的。但是，在从者宇宙中得到了真正的圣杯之后，优纪却有了新的理解，这是对于圣杯这个概念本身的深入理解。
圣杯是没有善恶之分的，圣杯是最纯粹，最原初，最根源，最基础，同样也是最复杂，最矛盾，最庞大的魔力构造。
没有善恶之分并不代表圣杯的单纯，单纯很容易被善与恶所感染，而圣杯却并不是那种白纸一样的单纯。要说的话，相比起纯粹这个词语，圣杯应该用另一个词语来形容，那就是混沌。
圣杯没有善恶之分，这并不代表圣杯是剔除了善恶的纯粹基础。事实上正相反，圣杯并不是没有善恶的纯粹，而是包容了善恶的混沌。
圣杯是完全由魔力所构成的特殊存在，它是连接根源，构造灵魂，组成世界基础的一部分。它包容了善与恶，也吸收了善与恶，它更是善与恶相互组合而成的混沌。
在第三次圣杯战争中，作为恶被崇拜，被污蔑的安哥拉·曼纽参与了这场圣杯战争，最终失败进入了圣杯的内部。因为安哥拉·曼纽身上所凝聚的庞大恶之力，圣杯被污染，成为了第四次圣杯战争的黑泥之杯。
这是众所周知的事情，不只是作为穿越者的清水悠斗和得到清水悠斗记忆的优纪知道。就连结束第四次圣杯战争幸存下来的卫宫切嗣和韦伯也都在后续有了深入了了解。
但是，事实上，他们的理解还是与真实情况有所出入。
圣杯会变成第四次圣杯战争时的那种样子确实是安哥拉·曼纽造成的。只不过并不是安哥拉·曼纽污染了圣杯，而是他的恶之力强化了圣杯。
在这个具备魔术与根源的世界中，意识、灵魂、肉体、世间万物都是由魔力构成的。而在这其中，意识和灵魂更是具备着庞大的魔力。
常人无法感知到的灵魂暂且不提，在人类的意识中占据最主管意识的两种概念就是善与恶。而善与恶也正是意识所产生的魔力中蕴含最多魔力的两种概念。
圣杯是由魔力所构成的概念，而善与恶又是人类意识中具备最强魔力的主观意识。在本身就混合了善与恶的圣杯魔力中忽然加入了庞大的恶之力，圣杯会被庞大的魔力冲击随后变得更强也是理所当然的。
只不过，因为涌入的魔力都是恶之力，而缺乏善之力，以至于圣杯本身的善恶平衡被打破。这才造成了恶之力的增幅，让原本融合了善与恶的混沌圣杯因为双方的失衡而变成了恶之圣杯。
善与恶都是相对的，极致的善与极致的恶都是人类所无法接受的存在。就像恶之圣杯会让人类的愿望扭曲成恶意一样，如果存在善之圣杯的话，它也会把愿望向着圣人之善的方向扭曲。
如果说卫宫切嗣想要拯救全人类的愿望是由恶之圣杯来实现的话，那么抹杀全人类就是这个愿望最终的结果。而如果是由相反的善之圣杯来实现的话，那么全人类都变成不吃不喝的机器人就是善意所达成的最终结局。